Di era Orde Baru, partai ini menjadi sasaran pelemahan oleh operasi kekuasaan. Sebagai partai gabungan partai-partai Islam, PPP menjadi incaran pelemahan karena dianggap sebagai ancaman terhadap rezim Orde Baru.
Partai ini pun menjadi sasaran operasi intelijen dengan menyusupkan agen-agen intelijen ke dalam partai.
Salah satu konflik yang fenomenal adalah kemunculan J. Naro sebagai ketua umum PPP.
Nama ini tidak dikenal sebelumnya. Ia secara tiba-tiba muncul dan kemudian bisa mengambil alih kendali partai. Orang pun mencurigai ada penyusupan intelijen dalam kemunculannya.
Pada 1979, Naro mendeklarasikan diri sebagai ketua umum dengan dukungan dari pemerintah Orde Baru.
Ia dikenal sebagai mantan jaksa yang kemudian menjadi politikus dengan menjadi anggota Partai Muslimin Indonesia (Parmusi).
Parmusi kemudian melebur ke dalam PPP melalui kebijakan fusi di masa Orde Baru.
Naro dianggap orang misterius. Inisial namanya pun diartikan macam-macam. Ada yang menyebutnya Jailani Naro, ada pula yang menyebutnya John Naro.
Penyebutan John dimaksudkan sebagai upaya mendelegitimasi Naro sebagai tokoh yang tidak islami. Ia bahkan disebutkan memelihara anjing di rumahnya.
Saat itu Naro berselisih dengan politikus PPP dari fraksi Nahdlatul Ulama (NU). Dia menyingkirkan para politikus dari kalangan NU memusatkan semua dukungan kepadanya.
Perselisihan Naro dan politikus dari kalangan NU di PPP mencapai puncak pada 1982.
Saat itu banyak calon anggota legislatif PPP dari NU terpental dari nomor urut jadi menjadi posisi bawah sehingga kecil kemungkinan untuk terpilih.
