Gus Dur mendirikan PKB atas aspirasi warga nahdliyyin yang menghendaki adanya wadah politik resmi untuk menyalurkan perjuangan. Gus Dur berhati-hati dengan langkah politik ini karena Gus Dur-lah yang membawa NU kembali ke khittah pada Muktamar SItubondo 1984. Ketika itu NU memutuskan untuk meninggalkan keterlibatannya dalam politik dan kembali ke khittah perjuangan dakwah kultural.
Gus Dur menjadi presiden pada 1999 dan kemudian dilengserkan di tengah jalan pada 2001. PKB kemudian lebih banyak direpotkan oleh perseteruan internal, dimulai dengan pemecatan Matori Abdul Jalil yang dianggap terlibat dalam persekongkolan melengserkan Gus Dur pada Sidang Istimewa MPR 2001.
Kendati sudah digerogoti konflik internal PKB masih tetap bisa mempertahankan posisi ke-3 pada pemilu 2004. Prestasi ini menunjukkan bahwa PKB adalah partai yang mendapat dukungan solid dari warga nahdliyyin. Konflik-konflik internal tidak memengaruhi perolehan suara PKB yang tetap stabil bersaing dengan partai-partai besar.
Puncaknya terjadi pada 2005. Muktamar PKB di Semarang memilih Muhaimin Iskandar sebagai ketua umum yang baru, dan Gus Dur duduk sebagai Ketua Dewan Syura. Komposisi ini dianggap ideal karena Imin adalah keponakan Gus Dur yang secara khusus dikader oleh Gus Dur supaya menjadi matang dalam gerakan politik.
Namun, menjelang Pemilu 2009, internal PKB kembali bergolak. Cak Imin dipecat dari jabatannya karena dianggap melakukan manuver dengan mendekati istana pemerintahan Presiden Susilo Bambang Yudhoyono (SBY). Cak Imin dan para pendukungnya tidak terima, kemudian mengajukan gugatan terhadap Gus Dur ke pengadilan.
Imin bisa melakukan konsolidasi dengan cepat dalam empat tahun terakhir dan mulai berani menantang Gus Dur dengan melemparkan isi Muktamar Luar Biasa (MLB). Kedua belah pihak yang berseteru menggelar MLB sendiri-sendiri. Kubu Gus Dur di Bogor dan rombongan Imin melaksanakan muktamar di Hotel Mercure Ancol sehari berselang.
